טיפול רפלקסולוגי לא מתנגש עם הטיפול הקונבנציונאלי – ההיפך הוא הנכון, הוא מעצים את השפעת התרופות ובאמצעותו (כפי שהוזכר בשאלה הקודמת) ניתן להקטין את המינון.
לרוב אין בטיפולי רפלקסולוגיה קונטרה אינדיקציה (התווית נגד), למעט במצבים בודדים.
ישנה אסכולה אחת שלפיה, כשרואים באמצעי הדמיה קונבנציונאליים קריש/קרישי דם (טרומבוליטים) בכלי דם יש להמתין עם הטיפול הרפלקסולוגי או כל טיפול מגע אחר. הרפואה הקונבנציונאלית מבצעת טיפולי טרומבוליזה (הזרקת חומרים ממיסי קרישי דם) ורק לאחר מכן אפשר לטפל בטיפולי מגע, וזאת על מנת למנוע שתסחיף יגיע דרך מחזור הדם ללב או לעורק הריאה ויגרום לנזק מיידי ואף למוות.
מומלץ לא לטפל באישה הרה בשלושת החודשים הראשונים להריון (כמו גם בעיסוי) מכיוון שהם החודשים הקריטיים להיקלטות העובר בדופן הרחם ובחודשים האלה קורות רוב ההפלות. מהחודש הרביעי ואילך אפשר לטפל. הנחייה זו קיימת במספר תחומים ברפואה המשלימה. אך בניגוד לאסכולה זו, ישנה דעה מנוגדת של מורי לרפלקסולוגיה מר שמוליק זיידל האומרת שבשלושת החודשים הראשונים דווקא חשוב לטפל מכיוון שבתחילת ההיריון הביצית החורגת הופכת לזקיק הצהוב שהוא אחראי להתפתחות העובר.
הזקיק הצהוב מפריש הורמון פרוגסטרון ומכין את הרחם לקליטת העובר ולכן מאוד חשוב לגרות את הזקיק הצהוב. יש הגיון רב באסכולה זו!